Jason Clarke sinh ra và lớn lên ở Winton, Queensland.[4][5] Cha anh làm nghề xén lông cừu ở vùng nông thôn Nam Úc bên ngoài một thị trấn nhỏ Padthaway trên Bờ biển Limestone.[6] Gia đình anh chuyển đến Nam Úc một thời gian ngắn trước khi quay lại Bắc Queensland, nơi Clarke hoàn thành chương trình trung học tại trường Cao đẳng Ignatius Park.[7] Clarke bắt đầu học luật vào năm 1987, tuy nhiên trước khi hoàn thành việc học của mình, thay vào đó, anh đã chọn theo đuổi sự nghiệp diễn xuất, ghi danh vào Sydney Actor's Studio.[7]